エピトープ（Epitopes）、別名抗原決定基は、抗体が認識して結合する抗原の特定の領域です。エピトープと相互作用する抗体側の部位はパラトープ（paratope）と呼ばれます。

抗体の治療効果は、標的抗原上の特定のエピトープを認識し結合する能力と密接に関連しています。エピトープ（抗原決定基）は、抗体が結合する分子のアミノ酸やその他の化学基の集合体です。エピトープ特性評価は、抗体結合のメカニズムを明らかにするだけでなく、新規抗体の知的財産（特許）保護や、高い特異性と最小限の交差反応性を持つ抗体設計にも役立ちます。