抗体はアイソタイプやサブタイプに加えて、アロタイプと呼ばれる遺伝的多様性も示します。アロタイプは免疫グロブリン上の多型エピトープであり、免疫グロブリン遺伝子の対立遺伝子差異によって生じます。その結果、特定の抗体サブタイプは個人や民族間で異なることがあります。これらの多型は免疫応答に影響を与える可能性があり、非自己アロタイプに曝露されると、抗アロタイプ免疫反応を引き起こすことがあります。

哺乳類では、抗体は主に5つのアイソタイプに分類されます：IgA、IgD、IgE、IgG、IgMです。各アイソタイプは、含まれる重鎖によって定義されます：アルファ鎖（IgA）、デルタ鎖（IgD）、イプシロン鎖（IgE）、ガンマ鎖（IgG）、ミュー鎖（IgM）。重鎖の構造的違いが、抗体の機能、組織内分布、免疫応答における役割を決定します。さらに、抗体の軽鎖はカッパ（κ）鎖とラムダ（λ）鎖の2種類に分類され、カッパ鎖の方が一般的ですが、配列の違いにもかかわらず両者は類似した機能を示します。